Nei fatti antecedenti alla serie narrati in The Avengers, l'agente Coulson (Clark Gregg) viene colpito a morte dal dio asgardiano Loki, ma - grazie agli scienziati e alle tecnologie dello S.H.I.E.L.D. - riesce a salvarsi.
Una volta tornato dal forzato riposo forma la squadra protagonista della serie, i cui membri sono stati personalmente selezionati da lui.
Coulson è l'agente con più anzianità di servizio e il capo della squadra: dopo aver riformato lo S.H.I.E.L.D. diventando l'erede di Nick Fury, Coulson non ha avuto altra scelta che allearsi con l'ex consiglio dell'Organizzazione, formando un'unica, nuova agenzia.
Oggi Phil, con una mano in meno ma tanta determinazione in più, darà il via a una missione segreta per la creazione di un team di Inumani.
In qualità di Direttore, l'agente Coulson ha la responsabilità di organizzare e dirigere ogni missione, ma spesso vi prende parte: prima di diventare Direttore, è stato a lungo un agente operativo.
Dopo le vicissitudini che hanno coinvolto lo S.H.I.E.L.D., deve prima imparare a collaborare con il Generale Talbot - persona non proprio accomodante - e poi cede il comando dell'agenzia a Jeffrey Mace: il primo Inumano al comando dello S.H.I.E.L.D.
Ma non tutto è come sembra, e Coulson continua a mantenere il controllo su ogni operazione dei suoi uomini.
Fino al momento in cui, dopo aver sconfitto la pericolosissima androide Aida, si ritrova misteriosamente nello spazio...
