Dopo la fallita fuga di Neal, e la morte della sua Kate, la collaborazione tra Neal e Peter è in forse. Dovranno dimostrare di meritare la fiducia dell'FBI.
Di nascosto da Neal, Peter e Diana indagano per scoprire chi ci sia dietro l'esplosione che ha ucciso Kate. Neal si infiltra nell'entourage di un politico corrotto.
L'FBI indaga su un truffatore che si spaccia per Caffrey. Intanto riappare la ladra Alex, che ha bisogno di aiuto: per via del carillon qualcuno ha messo una taglia su di lei.
Mozzie è convinto che una ragazza che conosce, di cui è innamorato, sia stata rapita. Chiede aiuto a Neal, che finisce per coinvolgere anche Peter e l'FBI.
In un'indagine sotto copertura, Neal viene scambiato per un killer, e incaricato di uccidere un'agente assicurativa, Sara Ellis. Ma chi la vuole morta, e perché?
Nell'indagine su un giro malavitoso di ricatti a potenziali genitori adottivi, Peter chiede a Neal di infiltrarsi nel mondo del gioco d'azzardo, che lui conosce bene...
Peter aiuta un collega, accusato di aver venduto informazioni sulle località dei testimoni sotto protezione, a fuggire di prigione e a cercare il vero colpevole.
Sia Neal che Peter si infliltrano in un'azienda, il cui ricercatore più importante è stato ucciso. Burke si rende conto che la vita del consulente potrebbe piacergli...
Le ricerche di Peter sull'assassino di Kate iniziano a dare il loro frutti: Neal decide che è il momento di incontrare Fowler faccia a faccia, da solo, per vendicarsi.
L'uomo che ha tentato di uccidere Mozzie incastra Peter, che viene sospeso dal servizio. Neal, Jones, Diana, Sara, Mozzie e perfino Elizabeth lavorano per aiutarlo.