Lo staff del Sacro Cuore comincia a conoscere il nuovo capo di medicina: la dottoressa Maddox. La donna, ad una prima impressione, sembra anche peggio del dottor Kelso.
J.D. e Turk rinunciano alla loro annuale grigliata per assistere un paziente che sta morendo e che non ha né parenti né amici che possano stargli vicino.
Il Dottor Kelso e il Dottor Cox formano un'alleanza per liberarsi della Maddox, mentre Carla prende a cuore uno degli interni, Katie.
Elliot e J.D. incoraggiano il Dr. Kelso a trovare la sua felicità e questo fa rinascere le scintille tra di loro. Nel frattempo il Dr. Cox ha dei problemi con il suo staff.
Arrivano nuovi specializzandi e subito l'inflessibile Dottor Cox non perde occasione per maltrattarli un pò, in particolare Ed, uno stravagante indiano.
Elliot ha la ferma intenzione di passare una notte di sesso travolgente con J.D. ma, non avendo più idee, chiede consiglio a Turk.
Per il dottor Cox è il primo giorno di lavoro come Capo del reparto di Medicina e si ritrova subito catapultato fra burocrazia e infermiere frustrate dai ritmi di lavoro.
Ted mette su un quartetto 'a cappella' per distrarre i pazienti dell'ospedale. Conosce così Stephanie, giovane volontaria che canta per i piccoli malati.
Elliot si sente per la prima volta vulnerabile e cerca conforto chiamando senza sosta JD. Intanto, un paziente in coma crea agitazione fra Cox, Carla e Sunny.
Mentre JD e Turk organizzano uno spettacolo in ospedale, Denise e Sunny prendono le difese di una giovane paziente. Intanto, un inserviente cerca di importunare Carla.